जुलाई 1967 को सर्वप्रथम विद्यालय नींव फा. जेवियर डिसूजा के द्वारा कैथोलिक डॉयोसिस ऑफ लखनऊ के सानिध्य तथा मार्गदर्शन में रखी गयी थी जो पूर्ण होने पर संत फ्रांसिस असीसी स्कूल के नाम से जाना गया। विद्यालय में पठन-पाठन का आरम्भ वर्ष 1977 से हुआ तथा वर्ष 1982 में प्राइमरी कक्षाओं की स्थायी मान्यता प्रापत हुई
वर्ष 1985 में जूनियर हाईस्कूल की मान्यता प्राप्त होने के पश्चात् विद्यालय का नाम संत फ्रांसिस जूनियर हाईस्कूल हो गया। समय के साथ-साथ विद्यालय विकास पथ पर अग्रसर रहा। वर्ष 1989 में प्रधानाचार्य कक्ष, वर्ष 1996 में फा. चार्ल्स द्वारा स्टेज का निर्माण, वर्ष 1998 में विद्यालय के प्रथम तल तथा 05.12.1999 को चर्च की स्थापना का कार्य सम्पन्न हुआ। इन विगत वर्षों में अभिभावकों का स्नेह तथा सहयोग निरन्तर विद्यालय को प्राप्त होता रहा। वर्ष 2006 में कम्प्यूटर प्रयोगशाला तथा वर्ष 2007 में विद्यालय को नवीन भवन प्राप्त हुआ। वर्ष 1999 में हाईस्कूल तथा वर्ष 2010 में इण्टरमीडिएट कक्षाओं को संचालित करने की मान्यता प्राप्त हुई। विद्यालय प्रशासन तथा प्रबंध तंत्र सदैव विद्यालय में शिक्षा के विकास तथा सुधार के लिए प्रयत्नशील रहा है। वर्तमान समय में संत फ्रांसिस इण्टर कॉलेज, निगोहाँ क्षेत्र ही नहीं वरन आस-पास के समस्त क्षेत्रों में अनुशासन तथा गुणवत्तापरक शिक्षा के लिए प्रसिद्ध है। वर्ष 1967 में फा. जेवियर डिसूजा तथा कैथोलिक डॉयसिस ऑफ लखनऊ के द्वारा रोपित किया गया यह नन्हा सा पौधा आज शिक्षा के क्षेत्र का विशाल, विश्वसनीय तथा सशक्त वट वृक्ष बन चुका है। अपने स्थापना काल से लेकर वर्तमान समय तक विद्यालय को अनेको प्रधानाचार्यों का सानिध्य तथा मार्गदर्शन प्राप्त हुआ। वर्तमान समय में प्रधानाचार्य के पद पर फा. विजय क्रास्ता सुशोभित है। आपने 17.01.2023 को अपना कार्यभार ग्रहण किया। कार्यभार ग्रहण करने के उपरान्त विद्यालय में अनेको सुधार तथा विकास सम्बंधी कार्यों को आपके मार्गदर्शन में पूर्ण किया जा रहा है। छात्रों के शारीरिक तथा चौमुखी विकास हेतु अध्ययन के साथ-साथ विभिन्न खेल प्रतियोगिताओं के आयोजन करना प्रधानाचार्य फा. विजय का प्रमुख ध्येय है। विद्यालय में नन्हें विद्यार्थियों हेतु चिल्ड्रेन पार्क तथा विभिन्न खेल प्रतियोगिताओं के लिए अलग-अलग खेल के मैदानों का निर्माण आपकी प्राथमिकता रही है। वर्तमान समय में प्रधानाचार्य फा. विजय क्रास्ता के सानिध्य तथा मार्गदर्शन में विद्यालय शिक्षा तथा खेल के क्षेत्र में अपना ध्येय पूर्ण कर रहा है। समस्त विद्यालय परिवार अभिभावकांे के स्नेह, सहयोग तथा विश्वास के लिए उनका आभारी है।